消毒工作是防疫的基础，是切断传播渠道、防止畜疫传播，控制疫病扩散的重要环节。养殖场的许多病原微生物可以通过消毒工作达到杀灭和抵制传播的效果，消毒杀灭环境中的病原体，显著减少病原体的数量，防止疫病发生和蔓延，因此消毒要全面细致进行。
消毒要全面
消毒药浓度要适宜：如果消毒药的浓度过大，一方面造成消毒药的浪费，增加饲养成本；另一方面容易导致畜禽的皮肤、粘膜、呼吸道的损伤，同时也可能造成人员的伤害，浓度过小，达不到消毒效果。因此要按药品说明书执行。养殖场工作人员在消毒过程中，采取喷雾的方式，喷洒均匀，速度适中。
消毒要同步：无论是环境消毒还是畜禽消毒，应尽可能在固定的时间范围内进行。在养殖场的消毒过程中，各畜禽舍应在较小的时间间隔内进行，才能很好的起到消毒作用。否则，病原菌就有可能扩散或传播，消毒效果不能大化，给养殖场的安全生产构成威胁。
人流、物流、车流的消毒要到位：规模养殖场大都采用封闭式的管理制度，但是现实决定不可能完全彻底封闭，必须要与人流、物流、车流不同程度的接触，如果这项工作做不到位，将是养殖场大的安全隐患。养殖场要设置车辆消毒池和工作人员进出消毒室、消毒池，消毒室消毒药的浓度要足够，要定期更换消毒液，人员一定要走消毒室，千万不能流于形式。
特别注意事项
灭蚊虫、鼠类和禁养犬、猫，减少传播媒介：蚊蝇等昆虫及老鼠、野生动物、犬、猫都是疫病传播的主要媒介，杀虫灭鼠、禁养犬、猫是切断传播途径的重要之一。首先要搞好猪舍内的清洁卫生，及时清除舍内地面及排粪沟中的积粪、饲料残质及垃圾；其次，保持场区内的环境卫生，对猪场场区及猪场周边环境的蚊蝇栖地、孳生地进行灭蚊药喷洒。
实行全进全出制管理：全进全出制度是指同一批猪群同时转入或同时转出猪舍，是当前规模猪场控制疫病的基本手段。制定合理的生产计划，在生产线各个主要环节上分期分批次安排猪的生产，做到全进全出，切断不同日龄和不同猪舍猪只的病原交叉感染，有效切断传播途径。
坚持自繁自养，严防疫病传入：建立健全猪群是控制规模化猪场疫畜的基础。坚持自繁自养，是建立猪场生物安全体系重要环节。规模猪场必须建立完善的繁殖体系，至少应建有良种繁殖场和商品繁殖场，根据发展计划培育自己的基础母猪群，繁殖种群过程中，提倡人工授精，避免交叉感染，通过自繁自养可以有效降低因引种不慎而将疫病传入猪场的风险。
饲料原料及产品控制：目前生产中采取了许多防病措施，但对饲料病原菌的检测环节薄弱。病原菌同样可以污染饲料，猪群食用了被污染的饲料后发病几率更高。因此，饲料及原料应特别注意生产、保存、运输过程中是否被病原菌和有害物质污染过，在使用前应先进行检测，必要时进行熏蒸消毒。
